Bioagro

**Detección y secuenciación del genoma del Potato Virus Y (PVY) que infecta plantas de tomate en Antioquia, Colombia**

El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes en cultivos de solanáceas. En la región andina es frecuente encontrar cultivos mixtos de estas especies vegetales, lo cual facilita la inoculación cruzada con este virus. Estudios recientes en el departamento de Antioquia, Colombia, han detectado altos niveles de incidencia y variación genética de PVY en papa y tomate de árbol. Con el fin de evaluar si esta situación también ocurre en los cultivos de tomate de esta región, se realizó una secuenciación de nueva generación (NGS) del transcriptoma de tejido foliar de tomate, como base para la caracterización molecular del PVY en este hospedero. Se determinó, además, su incidencia en tres lotes de cultivo con TAS-ELISA y se confirmó su presencia por RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR). El PVY fue detectado en el 13,3% de las 45 muestras foliares analizadas mediante TAS-ELISA y se confirmó por RT-qPCR con valores de ciclo umbral (Ct) de 14,31 a 33,8 y temperaturas de fusión (Tm) de 77,5 ± 1,5 °C. Los análisis bioinformáticos identificaron la ocurrencia de dos variantes de PVY en proporciones de 3:2. Sus genomas tienen un tamaño de 9726 nt y comparten 97,5 % de identidad; codifican para una poliproteína de 3061 aminoácidos, con regiones no traducidas (UTR) 5 y 3 de 218 y 325 nt, respectivamente. Los análisis filogenéticos, tanto de la poliproteína como de la cápside de ambas variantes, indican su afinidad con genotipos de PVY NTN, y constituyen el primer reporte en América del genoma completo de este virus en el cultivo de tomate.

PVY is one of the most limiting viruses in solanaceous plants. These crops are frequently planted together facilitating their cross-inoculation with this virus. Recent studies in Antioquia, Colombia, detected high levels of incidence and genetic variability of PVY infecting potato and tamarillo. In this study, Next-Generation Sequencing (NGS) transcriptome analysis of tomato leaves was used to confirm the presence of PVY in tomato crops in that region; virus incidence was evaluated in three plots using TAS-ELISA and further confirmed by real-time RT-PCR (RT-qPCR). TAS-ELISA of 45 leaf samples detected PVY in 13.3 % of them; RT-qPCR confirmed the serological results with threshold cycle values in the 14.31 and 33.8 range and a Tm of 77.5 ± 1.5 °C. Bioinformatic analysis confirmed the presence of two PVY variants (proportion 3:2), sharing 97.5 % of sequence identity. Both genomes are 9726 nt in size and code for 3061 amino acids polyprotein flanked by 5´and 3´ untranslated regions (UTR) of 218 and 325 nt. Phylogenetic analysis of both the sequences coding for the coat protein and the complete polyprotein suggest phylogenetic affinity with PVY NTN. To our knowledge, this is the first American report of a complete PVY genome naturally infecting tomato.

Fraccionamiento de fósforo en suelos cultivados con arroz por largos períodos de tiempo: II. Relación fósforo orgánico-inorgánico

La producción de arroz en el sistema de riego del Río Guárico en Venezuela data de muchos años, durante los cuales se ha venido aplicando fertilizantes fosfatados en forma continua. Las fracciones residuales de fósforo orgánico fueron estudiadas en 43 muestras de suelos fertilizados entre 5 y 50 años continuos por medio de una extracción secuencial. Los datos de P inorgánico fueron mostrados en una publicación anterior. El fósforo orgánico total (PoT) fue aproximadamente 4,3 veces más bajo que el P inorgánico total (PiT); sin embargo, entre el 50,6 y 84,7 % del P lábil correspondió al P orgánico. Contrariamente, las fracciones orgánicas moderadamente lábil (PiML) y ligeramente lábil (PiLL) fueron menos abundantes que las correspondientes inorgánicas (PoML y PoLL). El contenido de materia orgánica de los suelos mostró una relación lineal significativa y positiva con el PoML, pero esta relación fue más baja con el PoLL y Po ocluido.

Rice production in the irrigation system of Guarico River in Venezuela dates back more than 50 years, during which phosphate fertilizer has been applied continuously. The residual fractions of organic phosphorus were studied in 43 soil samples, fertilized between 5 and 50 continuous years. A sequential P extraction procedure was carried out in each soil sample. Data of inorganic P were reported in a previous paper. Total organic P (PoT) was approximately 4.3 times lower than total inorganic P (PiT); however, between 50.6 and 84.7 % of P labile corresponded to organic P. On the contrary, moderately and slightly labile organic fractions (PoLL and PoML) were less abundant than the corresponding inorganic fractions (PiML and PiLL). The organic matter content of the soils showed a significant positive linear relationship with the PoML, but a lower relationship with PoLL and occluded Po.

**Manejo del tizón tardío del celery (Apium graveolens L. var. Dulce) usando extractos vegetales bajo condiciones controladas**

El tizón tardío del celery, causado por el hongo Septoria apiicola es la enfermedad foliar más limitante en la producción de esta hortaliza en Venezuela, principalmente en las zonas altas del estado Táchira, donde se ha evidenciado que el uso de agroquímicos no es suficiente para la disminución de su incidencia. El objetivo de esta investigación se centró en evaluar el efecto de diferentes concentraciones de extractos etanólicos (EE) de hojas de Lippia origanoides (Lo) y Gliricidia sepium (Gs) sobre los conidios del patógeno (in vitro) y el manejo de la enfermedad, tanto preventivo como curativo en plantas de celery, dentro de cámaras de crecimiento (in vivo). Como resultado, in vitro, los EE de L. origanoides y G. sepium mostraron efectos fungicidas sobre los conidios a concentraciones de 0,25 y 0,8 %, respectivamente, mientras que in vivo este efecto se observó con los tratamientos de Lo al 15 % y Gs al 19 %. Las evaluaciones del tipo preventivo y curativo con Lo al 15 % demostraron su potencial de uso, al disminuir el IID de la enfermedad en 44 y 47,4 %, respectivamente, mientras que con G. sepium la disminución fue de 69,5 y 64,4 %, respectivamente. Así mismo, se observó que con el uso de Gs al 19 % hubo efectos leves de fitotoxicidad y fenómenos de hormesis en las plantas.

Late blight of celery, caused by the fungus Septoria apiicola is the most limiting foliar disease in this crop, especially in the highlands of Táchira State, Venezuela, where control with agrochemicals is not enough for reducing the disease incidence. This research focused on the evaluation of the effect of different concentrations of ethanolic extracts (EE) from Lippia origanoides (Lo) and Gliricidia sepium (Gs) leaves, on the pathogen conidia (in vitro) and disease management, either as preventive or curative treatment, on celery plants in growing chambers. Both, EE of Lo and Gs showed fungicidal effects on conidia at concentrations of 0.25 and 0.8 %, respectively, while in vivo, this effect was observed at treatments Lo 15 % and Gs 19 %. Preventive and curative treatments with Lo 15 % showed their potential use to reduce disease infection 44 and 47.4 %, respectively, while with Gs 19 % the reduction was 69.5 and 64.4 %, respectively. On the other hand, when using Gs 19 % a light phytoxicity effect and a hormesis phenomenon were observed in the plants.

Influencia de microorganismos solubilizadores de fósforo del suelo y su absorción por Plántulas de café

Los cultivos pueden presentar problemas de absorción de fósforo dado que en los suelos gran parte de este elemento se encuentra en fracciones poco disponibles. El objetivo de esta investigación fue evaluar la influencia de diferentes cepas bacterianas y fungosas en las fracciones de fósforo del suelo y su absorción por plántulas de café en Palmira, Colombia. Se establecieron tres tipos de sustratos para las plantas: a) Suelo + pulpa de café descompuesta (1:1) en presencia o ausencia de las cepas; b) Suelo + pulpa de café descompuesta (1:1) + roca fosfórica con o sin las cepas; y c) Suelo sometido a fertilización con fosfato diamónico, DAP (testigo absoluto). Se usó un diseño experimental completamente al azar, con 23 tratamientos y 10 repeticiones. Los resultados mostraron que la aplicación de pulpa de café descompuesta y de los microorganismos favoreció la disponibilidad de fósforo y algunos nutrientes útiles para el desarrollo de plántulas de café, las cuales mostraron buena correlación entre el fósforo foliar y la fracción disponible de P. En todas las fracciones de fósforo, los contenidos de P inorgánico (Pi) fueron mayores a los de P orgánico (Po), con predominio general de los tratamientos inoculados con las diferentes interacciones microbianas.

Crops may have problems absorbing phosphorus in soils since much of this element is found as non-available fractions This research was aimed at evaluating the influence of the different bacterial and fungal strains on soil phosphorus fractions and their absorption by coffee seedlings in Palmira, Colombia. The treatments were established under three types of plant substrates: a) soil + decomposed coffee pulp (1:1) in the presence or absence of the strains; b) soil + decomposed coffee pulp (1:1) + phosphate rock with or without microorganisms; and c) soil subjected to fertilization with diammonium phosphate, DAP (absolute control). A completely randomized design was used with 23 treatments and 10 repetitions. It was found that the application of decomposed coffee pulp and microorganisms favored the availability of phosphorus and some nutrients useful for the growth of coffee seedlings which showed good correlation between leaf P and soil available P. In all phosphorus fractions, the content of inorganic phosphorus (Pi) was higher than those of organic phosphorus (Po), with overall prevalence of the inoculated treatments with the different microbial interactions.

**Evaluación molecular de genotipos de tomate por su resistencia a Meloidogyne incognita, Fusarium oxysporum y Ralstonia solanacearum con fines de mejoramiento**

Las enfermedades del tomate causadas por Meloidogyne incognita, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, y Ralstonia solanacearum preocupan a nivel mundial por las pérdidas económicas debido a daños en el cultivo o al costo de las medidas de control. El desarrollo de variedades resistentes reduce el uso de plaguicidas, siendo fundamental disponer de germoplasma caracterizado morfológica, molecular y agronómicamente. En la presente investigación se planteó validar el uso de los marcadores moleculares SCAR Mi-23F/Mi-23R; At2-F3/At2-R3; I-2/5F/I-2/5R; P7-43DF3/P7-43DR1; P7-43DF1/P7-43DR1; TSCARaatF/R y TSCARaagF/R, asociados a los genes de resistencia Mi-1.2, I-1, I-2, I-3 y TRSR-1, para caracterizar 144 materiales que incluyeron Solanum lycopersicum, Solanum lycopersicum var cerasiforme, S. pimpinellifolium, S. neorickii, S. habrochaites, y familias avanzadas F3 de cruces de silvestres por una variedad tradicional, con fines de mejoramiento. Utilizando el marcador asociado al gen de resistencia Mi-1.2 se determinó que los materiales resultaron susceptibles, excepto un testigo comercial con la banda asociada al gen de resistencia a nematodos. Gran parte de las accesiones analizadas mostraron la banda asociada con el gen de resistencia I-1, aunque se observaron bandas de susceptibilidad, heterocigocidad o resistencia asociadas a los genes I-2 e I-3. Los materiales analizados revelaron bandas asociadas al gen de resistencia a R. solanacearum. Los marcadores moleculares permitieron separar genotipos por su resistencia a tres de las principales enfermedades que afectan actualmente al tomate.

Tomato diseases caused by Meloidogyne incognita, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, and Ralstonia solanacearum are worldwide major concerns because of economic losses due to crop damage or to the cost of the control measures. Resistant varieties development reduces pesticide usage, therefore it is strongly desirable to have morphological, molecular and agronomically characterized germplasm. This research aimed to validate the use of SCAR molecular markers Mi-23F/Mi-23R; At2-F3/At2-R3; I-2/5F/I-2/5R; P7-43DF3/P7-43DR1; P7-43DF1/P7-43DR1; TSCARaatF/R and TSCARaagF/R, associated with Mi-1.2, I-1, I-2, I-3 and TRSR-1 resistance genes, to characterize molecularly 144 materials including Solanum lycopersicum, Solanum lycopersicum var cerasiforme, S. pimpinellifolium, S. neorickii, S. habrochaites, and advanced families derived from crosses of wild genotypes with a local variety for purposes of plant breeding. Using a marker associated to the resistance gene Mi-1.2 we determined that most of the materials had the band associated with susceptibility to the nematode except for the commercial genotype used as control, presumably with the resistance gene. Most of the assessed accessions had the bands associated to resistance gene I-1, although bands associated to susceptibility, heterozygosis, or resistance towards I-2 and I-3 genes were observed. Studied genotypes showed resistance genes towards R. solanacearum. Molecular markers allowed the screening of genotypes for resistance to three major diseases currently affecting tomato.

**Efecto del estado de madurez sobre el comportamiento poscosecha de frutos de uchuva (Physalis peruviana L.) almacenados a temperatura ambiente**

Cape gooseberry (Physalis peruviana L.), a species belonging to the Solanaceae family, has fruits appreciated for their flavor and functional and medicinal properties. Fruit maturity at the time of harvest is one of the most important factors determining the behavior and postharvest quality. In order to determine the effect of maturity stage on postharvest behavior of cape gooseberry, fruits from ecotype Colombia were harvested at four maturity stages, S1 (25 % yellow and 75 % green fruit with green calyx), S2 (50 % yellow and 50 % orange with yellow-green calyx), S3 (100 % orange fruit and 100 % yellow calyx) and S4 (100 % orange dry fruit with brown calyx). Fruits were stored without calyx at room temperature (18 °C and 60 % RH) for 15 days. We found that as maturity increased, the values of ethylene production, weight loss, color index, total soluble solids and maturity ratio were higher, while firmness and titratable acidity were lower. However, fruits harvested at S1 had the lowest postharvest quality, since they showed the largest weight loss, lowest firmness and uneven coloration. Therefore, it is not beneficial to harvest fruits at this maturity state. It is advisable to harvest cape gooseberry fruits at S2 and S3 maturity stages because of the good postharvest behavior they show, while fruits at S4 stage should be harvested for immediate consumption only.

La uchuva (Physalis peruviana L.), especie perteneciente a la familia Solanaceae, posee frutos que son apetecidos por su sabor así como por sus propiedades funcionales y medicinales. La madurez del fruto en el momento de la cosecha es uno de los factores más importantes que determina el comportamiento y la calidad poscosecha. Con el objetivo de determinar el efecto del estado de madurez sobre el comportamiento poscosecha, se cosecharon frutos de uchuva ecotipo Colombia en cuatro grados de madurez, S1 (fruto 25 % amarillo, 75 % verde y cáliz verde), S2 (fruto 50 % amarillo, 50 % naranja y cáliz verde amarillento), S3 (fruto 100 % naranja y cáliz 100 % amarillo) y S4 (fruto 100 % naranja y cáliz seco de color café). Los frutos fueron almacenados sin cáliz a temperatura ambiente (18 °C y 60 % HR) durante 15 días. Se encontró que a medida que el estado de madurez fue más avanzado, los valores de producción de etileno, pérdida de peso, índice de color, sólidos solubles totales y relación de madurez fueron mayores, mientras que la firmeza y la acidez titulable fueron menores; sin embargo, los frutos S1 tuvieron menor calidad poscosecha porque presentaron la mayor pérdida de peso, menor firmeza y una coloración irregular, por lo que no es favorable cosechar los frutos en este estado de madurez. Es recomendable cosechar los frutos de uchuva en los estados S2 o S3 porque presentan un buen comportamiento poscosecha, mientras que los frutos S4 se deben cosechar sólo para consumo inmediato.

Colección de arañas en olivares del sur de Brasil

Spiders represent an abundant group of predators within the agroecosystems, and in olive groves of Europe spiders are important predators and may significantly reduce the attack of pests. In Brazil there are only few investigations that study the assembly of spiders in agroecosystems. This research aimed to characterize the assembly of spiders in olive groves in Rio Grande do Sul. The study was conducted from October 2010 to October 2012, in five groves of the Municipalities of Pelotas, Bagé, Rio Grande, Cachoeira do Sul and Santana do Livramento. Spiders were monthly collected from the tree canopy by beating tree branches using a modified japanese umbrella device. Two samples per tree were taken (one on the shaded face and another on the sunny face). Each sample took 10 seconds, so 400 seconds were spent in 20 plants of each olive grove. The faunal analysis of the results was performed by determining dominance, abundance, frequency and constancy of species. It was obtained a wealth of 38 species of spiders distributed in 10 families. The predominant species were Sphecozone sp.1 and sp.2, Anelosimus studiosus, Eustala sp.1, Cheiracanthium inclusum, Misumenops sp.1, Sanogasta sp.2, and morphospecies sp.1 (Salticidae).

Dentro de los agroecosistemas, las arañas constituyen un grupo de depredadores muy abundante. En olivares de Europa las arañas son importantes depredadores y pueden reducir significativamente el ataque de plagas. En Brasil son escasos los trabajos que estudian las especies de arañas en los agroecosistemas. Debido a ello, el presente trabajo se orientó a caracterizar las especies de arañas en olivos de Rio Grande del Sur. El estudio fue realizado entre octubre de 2010 y Octubre de 2012, en cinco olivares de los municipios de Pelotas, Bagé, Rio Grande, Cachoeira del Sur y Santana do Livramento. En cada área experimental se realizó un muestreo de la araneofauna a través de colectas mensuales realizadas con paraguas entomológicos en la copa de los árboles. Se realizaron dos colectas por árbol, tanto en la cara sombreada como en la soleada. Cada muestra se tomó durante 10 segundos lo que resultó en un tiempo total de 400 segundos en las 20 plantas muestreadas por olivar. Se realizó el análisis faunístico de los resultados, determinando la dominancia, abundancia, frecuencia y constancia de las especies encontradas. Se observó una riqueza de 38 especies de arañas distribuidas en 10 familias. Las especies predominantes fueron Sphecozone sp.1 e sp.2, Anelosimus studiosus, Eustala sp.1, Cheiracanthium inclusum, Misumenops sp.1, Sanogasta sp.2 y morfoespecie sp.1 (Salticidae).

Evapotranspiración y coeficientes de cultivo (Kc) de stevia [Stevia rebaudiana (Bertoni) Bertoni] bajo condiciones parcialmente protegidas

La evapotranspiración de referencia (ETo) de una zona y el coeficiente del cultivo (Kc) representan parámetros necesarios para determinar los requerimientos hídricos de las plantas. El objetivo de este estudio fue determinar la tasa de evapotranspiración (ETc) y Kc del cultivo de stevia en diferentes etapas de su desarrollo, según la propuesta FAO, mediante el empleo de cuatro lisímetros de drenaje instalados dentro de un cobertizo parcialmente protegido. La ETo fue obtenida de un atmómetro ET gage modelo A. Los lisímetros tenían 0,25 m de profundidad efectiva, 0,4 m de ancho y 1 m de largo. Cada lisímetro contó con cuatro plantas de stevia colocadas en hilera con 25 cm de separación. El balance de agua en los lisímetros se llevó a cabo tres veces por semana durante nueve semanas. Después de la cosecha se realizó un segundo experimento con igual manejo y duración. En ambos experimentos se midió la altura de las plantas, el diámetro de la copa, y los pesos secos de tallos y hojas, y se encontró que no hubo diferencias en el crecimiento entre las plantas ubicadas dentro y fuera de los lisímetros. La ETc promedio fue 1,47 y 1,12 mm·día-1 en los experimentos 1 y 2. Los valores promedios de Kc fueron 0,36, 0,59 y 0,55 para las etapas I, III y IV, respectivamente, mientras que en la etapa II el Kc incrementó desde 0,36 hasta 0,59. La duración de cada una de las cuatro etapas fue 38, 14, 4 y 4 días, respectivamente en ambos experimentos.

The reference evapotranspiration (ETo) of a zone and the crop coefficient (Kc) represent important data necessary to determine the water requirements of plants. The objective of this study was to determine the crop evapotranspiration (ETc) and Kc of plants of stevia at different stages of development, as proposed by FAO, by employing four free-drainage lysimeters installed inside a greenhouse. The ETo was estimated using an atmometer ET gage model A. The lysimeters were 0.25 m effective depth, 0.4 m wide and 1 m long, and within each of them four plants of stevia were transplanted 25 cm apart in a row. The water balance in lysimeters was determined three times a week during nine weeks. After harvest, a similar second experiment was conducted. Plant height, canopy diameter, and stem and leaves dry weight were measured, and it was found no differences in growth between plants inside and outside lysimeters. The mean ETc was 1.47 and 1.12 mm·día-1 in the experiments 1 and 2. Mean values of Kc for stages I, III and IV were 0.35, 0.59 and 0.55, respectively, while the Kc for stage II increased from 0.35 to 0.59. Stages I, II, III and IV lasted 38, 14, 4, and 4 days, respectively, in both experiments.